净化车间在建好之后，后期的使用保养也是非常重要的，那么在使用的过程中应该注意什么呢？
首先，净化车间对洁净度的要求很高为10000级，温度20-24℃,湿度45-60%。当人员进入净化车间时要注意避免污染物进入，应在旁边建立缓冲间，当工作人员进入前先将紫外灯关闭。
空气中的微生物虽肉眼看不到，但是它会对洁净室洁净度产生影响，所以日常清洁很重要，为了避免污染物堆积，所以消毒的时候要彻底，净化车间所有地方不能出现死角，避免有的地方不能清洁到。
生产环境的洁净度直接影响产品质量，为了控制生产环境中大气的洁净度和温湿度，为产品营造一个良好的生产与制造环境。洁净室要保持干净，杂物不能乱放。洁净室要按时灭菌消毒，人员进入时即使有防尘措施（穿戴无尘服，手套，帽子等）也应经过消毒才能进入，及带入的东西都要进行灭菌处理,虽然这些都是简单的事情，但是对洁净室净化工程来说是非常重要的。
净化车间的洁净度和洁净效果会受许多因素的影响，包括工作人员，物品设施，建筑结构，空气中的微生物，气流形式等。
那么净化车间的洁净度为什么会受气流的影响呢？首先要了解，一般净化车间的气流速度0.25~0.5m/s之间，此气流速度属微风区域，易受人、机器等的动作而干扰趋于混乱、虽提高风速可抑制此一扰乱之影响而保持洁净度、但因风速的提高，将影响运转成本的增加，所以应在满足要求的洁净度水准之时，能以最适当的风速供应，以达到适当的风速供应以达到经济性效果。