厂房净化工程设施施工用材料的选择和使用都应该符合设施的要求，并应考虑下述各项：
1、 洁净度等级。
2、 磨损和冲击的效应。
3、 清洁和消毒的方法和频率。
4、 化学品/微生物的侵袭和腐蚀。
5、 容易断裂或掉屑的材料只有在有效地封闭和保护的情况下才可以使用。
应考虑各种材料与设施的作业要求的化学相容性。例如，这可能会影响饰面工程用的粘附材料和密封胶的选择或过滤器组件和密封胶的选择。
与送到洁净室或洁净区内的空气相接触的各个表面，由于其性质或情况不同，都可能影响送入污染敏感区内的空气的质量。为此，对整个空气处理系统内表面要用的材料和饰层材料都要严格地鉴定，并要专门审批。
厂房净化车间或洁净车间内的设备、陈设和材料的所有外露的表面都应符合与设施的外露结构构件相同的标准。